Eine umfan­gre­iche Sanierung der mit­te­lal­ter­lichen Gebäudesub­stanz erfol­gte in den Jahren 2002 bis 2004 aus Mit­teln der Deutschen Klassen­lot­terie Berlin. Jet­zt erhält die Ruine der Klosterkirche mit dem aktuellen Bebau­ungs­plan, der im Bere­ich rund um das Kloster­vier­tel und den Molken­markt an his­torische Grun­drisse von Berlin anknüpfen will, wieder eine viel­beachtete stadträum­liche Bedeu­tung. Die archäol­o­gis­che Sondierung der his­torischen Kloster­an­lage hat gut erhal­tene Fun­da­mente des Kreuz­ganges und Kapitel­haus­es an der Nord­wand der Ruine ent­deckt, die Berlin­er Stadt­geschichte ein­drück­lich machen. 

Wie diese baulichen Über­reste dauer­haft sicht­bar gemacht und für öffentlich­es Pub­likum anschaulich ver­mit­telt wer­den sollen, nimmt einen wichti­gen Teil der Werk­stattphase ein, die gegen­wär­tig als eine Art eine „Denkmal­sakademie auf Zeit“ entwick­elt wird. Mit der Ausstel­lungsrei­he [state­ment & dia­logue] wer­den in der Kirchen­ruine des mit­te­lal­ter­lichen Klosters aus­gewählte, site-spez­i­fis­che Arbeit­en gezeigt, die sich mit den Mit­teln der zeit­genös­sis­chen Kun­st zu diesem einzi­gar­ti­gen Bau­denkmal Berlins, dessen beson­der­er Architek­tur und Geschichte auseinan­der­set­zen.

Seit dem 27.04.2017 ist die Ruine der Franziskaner Klosterkirche täglich von 10–18 Uhr geöffnet.