Der Beginn der Klosterkirche ist eng verbunden mit der Besiedelung des Gebietes der Mark Brandenburg im 13. Jahrhundert. 1271 stellten die brandenburgischen Markgrafen dem Bettelorden der Franziskaner einen Baugrund am Ostrand des damaligen Berlins zur Verfügung. 1290 wurde ihnen zusätzlich eine im nahegelegenen Tempelhof ansässige Ziegelei durch den Ritter Jacob von Nebede geschenkt. An dieser Stelle existierte bereits ein Feldsteingebäude, das in den Bau der Klosterkirche integriert wurde. Dessen Reste sind an der nördlichen Mauer heute noch zu sehen. Das Kirchengebäude wurde im letzten Drittel des 13. Jahrhunderts ausgebaut und es entsteht ein großer Klosterkomplex mit zwei Höfen an der Nordseite. Die Franziskaner Klosterkirche zählt zu den frühen Bauten der Backsteingotik in Brandenburg. Das Langhaus ist schlicht und romanisch anmutend, der Langchor im gotischen Stil gehalten, eine für die Zeit ungewöhnliche Gestaltung. Der eindrucksvoll durchfensterte und mit Maßwerk verzierte Chorabschluss zeugt von hoher Kunstfertigkeit und einem hohem Grad an technischem Wissen.