Im April 1945 werden die Franziskaner Klosterkirche sowie die Klosteranlage bei Bombenangriffen der Alliierten schwer getroffen und zu großen Teilen zerstört. Die Überreste der Kirche fallen im Zuge der Teilung Berlins auf sowjetisches Besatzungsgebiet. Erst in der zweiten Hälfte der 1950er Jahre wird die Ruine der Klosterkirche von ihren Trümmern befreit. Die restlichen Klostergebäude werden komplett abgerissen. In den 1960er Jahren werden die verbliebenen Gebäudeteile der Kirche, wie die Westfront, die Nordmauer, der Chor, die Sakristei und die Überreste der Klostermauer, gesichert und als Mahnmal gegen Faschismus und Kriegskatastrophen erhalten. Im Zuge der Stadterneuerung von 1968 und der damit einhergehenden Verbreiterung der Grunerstraße wird die Ruine des Klostergebäudes abgetragen, das Gelände eingeebnet und in eine Grünanlage umgestaltet. In den Jahren 2002 bis 2005 werden umfangreiche Instandsetzungen und Restaurierungsarbeiten vorgenommen. Die im Krieg ausgelagerten mittelalterlichen Kult- und Kunstwerke sind zum größten Teil erhalten geblieben und werden heute in der Marienkirche, in St. Johannis in Moabit, den Dorfkirchen von Buckow, Schöneberg und Zehlendorf, im Kloster Heiligengrabe sowie im Märkischen Museum aufbewahrt.